A gestão das UCs por parte do Governo do Estado do Rio de Janeiro é a pior da Região Sudeste e talvez uma das piores de toda América Latina e Caribe, conseguindo ser muito inferior a de vários países pobres da África e Ásia, perdendo de longe para paises como Costa Rica, África do Sul e Quênia. Um vexame que envergonha nosso Estado. Há uma superposição de funções entre a FEEMA e o IEF. Ambos administram Parques, Reservas Biológicas, Estações Ecológicas e Reservas Ecológicas, denotando uma baderna institucional. Uma duplicidade absurda que só ocorre no Estado do Rio de Janeiro e em nenhum outro estado brasileiro. Quem perde com isso? Óbviamente as UCs. A APEDEMA classifica a gestão estadual das UCs como primária, amadora e desprovida de foco e profissionalismo devido a total falta de apoio dos escalões superiores. É revoltante constatar que passados 35 anos nenhuma UC do Estado tenha sido implantada.  Um perfeito atestado de incompetência.  Enquanto isso, os Piscinões de Ramos e São Gonçalo foram rapidamente implantados.  

Apesar das graves deficiências e de ter por incumbência administrar milhões de hectares em um país continental como o Brasil, o setor de unidades de conservação do IBAMA no Estado do Rio de Janeiro presta um serviço melhor que o IEF e a FEEMA, contando com maior contigente de pessoal qualificado e treinado nas unidades de conservação. Apesar disso, é inaceitável que o Parque Nacional de Itatiaia, o primeiro do Brasil, até hoje não tenha sido implantado. Deveria ser a prioridade número 1 do IBAMA. As UCs federais de todo o Brasil receberam em 15 anos (entre 1989 e 2004), o valor irrisório de R$ 300 milhões, menos do que a lavoura de fumo recebeu do BNDES em 2004, de uma só tacada.

O melhor programa de áreas protegidas no Estado é executado por uma ONG  - a Associação Mico-Leão Dourado, que esta conseguindo fazer do vale do rio São João a área com maior concentração de RPPN’s do Brasil.